聖徳太子御作 十一面千手千眼観世音菩薩（国重要文化財）
秘仏として本堂正面厨子に安置される十一面千手千眼観世音菩薩（千手観音）は聖徳太子が斧で一刀され彫られたと寺伝では伝わります。令和３年度には本格修理がなされ材は「榧」とされ、真数（実際に１０００本）の手があるのが確認されそのひとつひとつの掌には墨書にて眼が描かれている。
別名「疱瘡観音」（芋観音）とも呼ばれ流行り病に霊験あらたかなお力があり、お供えに土俗芋（サツマイモに糸を通したもの）をお供えしたことから芋観音とも呼ばれる。大正１０年に国宝にも指定され、昭和２５年の法改正により国重要文化財に指定される。
令和５年１０月１日（日）から１２月３日（日）に50年ぶりの特別大開帳が実施されます。
※特別大開帳期間中はおひとりさま８００円の入山拝観料が必要となります。
※法要時は内部拝観出来ないことも御座いますのでご留意下さい。
※秘仏に付き撮影はご遠慮下さい。
次の御開帳は３３年後を予定してます
聖徳太子二歳像（南無佛）
聖徳太子南無佛は現在の本堂にて秘仏として仮安置され、聖徳太子薨去１４００年を慶讃し令和４年５月２２日から令和５年１２月３日まで特別開帳しておりますが、令和５年９月２３日～１１月２６日は観峰館特別企画「近江・聖徳太子伝承社寺の美術―地域に根付いた文化財―」への初の出展（出開帳）となりました。期間中は観峰館さまにてお出会いされて下さい。
鎌倉時代の太子信仰により作製され、「斑鳩殿」（太子堂）にて安置されていた。明治初期に崖崩れにて斑鳩殿が崩壊し本堂へ移された。寺伝にはその昔太子像が２体あったとされ、その１対のみ武州（武蔵野国）の商人により京都に持ち込まれ発見され当山に買い戻されたとされる。天台宗成願寺の１００歳を越える老僧法印によると「昔、瓦屋寺の蓮華坊にあった２体の内の１体である」と南無佛を拝見し間違いないと申された。